W oryginalnych polskich opracowaniach dotyczących seksualności dzieci i młodzieży, a także w planowaniu badań z tego zakresu można zaobserwować istotne niedoskonałości metodologiczne i kwestie budzące kontrowersje etyczne, począwszy od „wrażliwości” tematyki, spotykającej się ze zróżnicowaną oceną społeczną, poprzez trudności w badaniach porównawczych (większość literatury pochodzi z anglojęzycznego obszaru kulturowego), specyfikę doboru populacji badanych (zawężonej nieomal zupełnie do ofiar molestowania seksualnego), na trudnościach w formułowaniu celów badawczych i sposobów ich realizacji bez narażania osób badanych na możliwe szkody skończywszy. Istotnymi ograniczeniami, ściśle związanymi z wymienionymi problemami etycznymi, są aspekty metodologiczne badań zachowań seksualnych dzieci i młodzieży – zarówno zdrowej, jak i z grup klinicznych. W pracy omówiono niedoskonałości różnych sposobów zbierania danych i metod badawczych (opisy przypadków – case studies, wywiady zbierane od dzieci i młodzieży dotyczące ich zachowań seksualnych, retrospektywne opisy własnych zachowań seksualnych z czasu dzieciństwa i adolescencji dokonywane przez młodych dorosłych, obserwacje zachowań seksualnych młodszych dzieci dokonywane przez rodziców i opiekunów, standaryzowane skale oceny zachowań, obserwacja bezpośrednia oraz samomonitorowanie i badania neuroobrazowe), a także związane z nimi korzyści. Wartości i ograniczenia tych metod przedstawione są w optyce aksjologicznej, na podstawie badań własnych dzieci z populacji klinicznej.