Klozapina to lek podlegający intensywnemu metabolizmowi wątrobowemu z udziałem izoenzymów cytochromu P450 (głównie 1A2, w mniejszym stopniu 3A4 i 2D6). Łączne stosowanie leków hamujących wymienione izoenzymy, czyli np. ciprofloksacyny, erytromycyny, fluoksetyny lub fluwoksaminy, skutkuje zwiększeniem stężenia klozapiny we krwi pacjenta, co pociąga za sobą wzrost ryzyka pojawienia się bądź nasilenia działań niepożądanych albo powikłań typowych dla leczenia klozapiną. Jednocześnie induktory enzymatyczne (np. rifampicyna, fenytoina, karbamazepina, wyciąg z dziurawca, nikotyna, kanabinole) mogą przyczynić się do spadku skuteczności klozapiny, a po nagłym odstawieniu – do ujawnienia się jej toksyczności. Kolejnym aspektem interakcji klozapiny z innymi lekami jest sumowanie się działań niepożądanych wynikających z właściwości farmakodynamicznych. Działanie sedatywne, hipotonizujące, antycholinergiczne, mielotoksyczne czy drgawkorodne klozapiny może zatem się nasilić, kiedy będzie ona łączona z innymi substancjami również powodującymi takie działania niepożądane. Szczególnej uwagi wymaga stosowanie klozapiny w trakcie chorób infekcyjnych. Z jednej strony bowiem niektóre podawane wówczas antybiotyki (np. makrolidy) oraz inne leki przeciwbakteryjne (np. fluorochinolony) i przeciwgrzybicze (głównie azole) mogą – przez hamowanie metabolizmu klozapiny – przyczyniać się do nasilania jej mielotoksyczności. Z drugiej strony może dochodzić do sumowania się działania mielotoksycznego klozapiny i pewnych antybiotyków (klindamycyna, metronidazol) czy leków przeciwgorączkowych i przeciwzapalnych (np. ibuprofen, paracetamol, metamizol). Ze względu na wysokie ryzyko interakcji klozapina to lek przeznaczony głównie do monoterapii. Jednak znajomość właściwości farmakokinetycznych i farmakodynamicznych klozapiny i wynikających z nich interakcji pozwala, kiedy jest to konieczne, na włączenie jej w schemat terapii kombinowanej – pod warunkiem zachowania należytej ostrożności.