Choroba afektywna dwubiegunowa cechuje się wysoką nawrotowością, wczesnym początkiem, rodzinnym występowaniem i tendencją do progresji. Bardzo często zdarza się, że długo pozostaje nierozpoznana albo niewłaściwie zakwalifikowana jako inne zaburzenie (nawet ⅓ pacjentów może być błędnie zdiagnozowana przez 10 lat lub dłużej). Najczęściej mylona jest z depresją nawracającą, zaburzeniami lękowymi, schizofrenią i zaburzeniami osobowości. Zbyt późne wykrycie objawów dwubiegunowości i postawienie diagnozy choroby afektywnej dwubiegunowej pociąga za sobą istotne konsekwencje kliniczne, w tym opóźnienie rozpoczęcia właściwej farmakoterapii, wyższą liczbę nawrotów, większą częstość prób samobójczych i hospitalizacji, rozwój oporności na leczenie i ryzyko szybkiej zmiany faz. Trudności diagnostyczne wynikają m.in. z faktu, że obraz kliniczny spektrum choroby afektywnej dwubiegunowej jest bardzo zróżnicowany, a choroba przebiega z nietypowymi bądź subklinicznymi objawami. Ponadto wiedza na temat kryteriów rozpoznawania zaburzeń z kręgu spektrum dwubiegunowego nie jest wystarczająco rozpowszechniona, a pacjenci i ich bliscy bywają bezkrytyczni i zbyt rzadko zgłaszają objawy maniakalne/hipomaniakalne. W celu zwiększenia precyzji procesu diagnostycznego zaleca się – m.in. u osób z diagnozą depresji – stosowanie przesiewowych kwestionariuszy oraz zwracanie szczególnej uwagi na specyficzne cechy depresji, które częściej występują w zaburzeniach ze spektrum choroby afektywnej dwubiegunowej. Obecnie diagnozę stawia się na podstawie wywiadu i obserwacji obrazu klinicznego. Trwają jednak poszukiwania wskaźników biologicznych (biomarkerów), które mogłyby odzwierciedlać obecność stanu chorobowego czy też korelować z fazami choroby i jej nasileniem.